Bujnicki lab - Więcej Dobrej Nauki
  • RNA has recently emerged as an attractive target for new drug development. Our team is developing new methods to study the interactions between RNA and ligands. Recently, we have developed a new machine learning method called AnnapuRNA to predict how small chemical molecules interact with structured RNA molecules. Research published in PLoS Comput Biol. 2021 Feb 1;17(2):e1008309. doi: 10.1371/journal.pcbi.1008309. Read More
  • 1

About Laboratory Of Bioinformatics And Protein Engineering

Our group is involved in theoretical and experimental research on nucleic acids and proteins. The current focus is on RNA sequence-structure-function relationships (in particular 3D modeling), RNA-protein complexes, and enzymes acting on RNA.
 
We study the rules that govern the sequence-structure-function relationships in proteins and nucleic acids and use the acquired knowledge to predict structures and functions for uncharacterized gene products, to alter the known structures and functions of proteins and RNAs and to engineer molecules with new properties.
 
Our key strength is in the integration of various types of theoretical and experimental analyses. We develop and use computer programs for modeling of protein three-dimensional structures based on heterogenous, low-resolution, noisy and ambivalent experimental data. We are also involved in genome-scale phylogenetic analyses, with the focus on identification of proteins that belong to particular families. Subsequently, we characterize experimentally the function of the most interesting new genes/proteins identified by bioinformatics. We also use theoretical predictions to guide protein engineering, using rational and random approaches. Our ultimate goal is to identify complete sets of enzymes involved in particular metabolic pathways (e.g. RNA modification, DNA repair) and to design proteins with new properties, in particular enzymes with new useful functions, which have not been observed in the nature.
 
We are well-equipped with respect to both theoretical and experimental analyses. Our lab offers excellent environment for training of young researchers in both bioinformatics and molecular biology/biochemistry of protein-nucleic acid interactions.


More Good Science

Akcję „Więcej Dobrej Nauki” kieruję do osób z niewielkim doświadczeniem w aplikowaniu o granty i zdobywaniu funduszy na badania – m.in. młodych i/lub z małych ośrodków akademickich. Przede wszystkim zaś do tych, którzy już złożyli wniosek na realizację swoich pomysłów badawczych w Polsce np. do NCN, NCBR, MNiSW, NPRH, FNP, czy innej instytucji i nie otrzymali finansowania, a nie wiedzą, co zrobić, żeby następna wersja ich wniosku wypadła lepiej. Chodzi o zidentyfikowanie projektów, które mają duży potencjał, a nie zostały docenione głównie ze względu na brak „kunsztu grantopisarskiego” autorów.


Pierwszy etap Akcji „Więcej Dobrej Nauki” stanowiło pięć spotkań w wybranych małych i średnich ośrodkach akademickich: Częstochowie, Szczecinie, Siedlcach, Białymstoku i Olsztynie.

Spotkanie na Uniwersytecie w Białymstoku 26 marca 2014 (najdłuższe) zostało zarejestrowane w postaci nagrania video, które obejmuje opis Akcji, wykład na temat dobrych praktyk pisania grantów oraz dyskusję:

http://youtu.be/-W8SvXg3Ohw
Realizacja nagrania: Wojciech Oksztol www.oksztol.com

Udostępniam również [slajdy z prezentacji]
(licencja CC-BY-NC-SA, czyli dozwolone kopiowanie, rozpowszchnianie i modyfikowanie, pod warunkiem, że zostanie odpowiednio zacytowane moje autorstwo zawartych w prezentacji materiałów, każda zmiana oryginalnego pliku zostanie odnotowana i wszystkie dzieła pochodne będą udostępniane na takiej samej licencji)
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/

Zasadniczym elementem akcji jest zaangażowanie ekspertów, czyli naukowców doświadczonych w zdobywaniu i ocenianiu grantów. Warsztaty mają bowiem polegać głównie na indywidualnej pracy uczestnika z trenerem/mentorem, który zapozna się z wnioskiem i recenzjami, a w trakcie spotkania przekaże swoje uwagi, czy sugestie uczestnikowi, i w miarę możliwości odpowie na jego pytania. Kluczowe będzie wyjaśnienie niedoświadczonym naukowcom, jakie błędy popełnili i jak uniknąć ich na przyszłość, ale przede wszystkim, jak konstruktywnie potraktować nawet najbardziej krytyczne recenzje.

Kluczowym etapem akcji są konsultacje, które odbędą się w maju 2014 w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie.

Podczas rozmów z ekspertami uczestnicy będą mieli możliwość szczegółowo omówić swoje projekty (i otrzymane recenzje). Ten etap planuję zorganizować tak, żeby zdążyć przed 17. czerwca 2014 r., bo tego dnia upływa termin składania wniosków do konkursów OPUS, PRELUDIUM i SONATA


[REJESTRACJA NA WARSZTATY]
Kontakt w sprawach technicznych z wiązanych z rejestracją: helpdesk@genesilico.pl